Kontrola podatkowa. Co każdy przedsiębiorca powinien wiedzieć?

Urzędy skarbowe, dzięki wykorzystaniu narzędzi analitycznych takich jak STIR, JPK czy big data, trafnie typują podmioty do weryfikacji, skupiając się na firmach obecnych na rynku i rzeczywiście dostępnych dla egzekucji zobowiązań. W efekcie kontrola może spotkać każdego podatnika, który nieświadomie popełnił błąd lub padł ofiarą nieuczciwego kontrahenta.

Zmiany w podejściu do kontroli podatkowych

W ostatnich latach sposób przeprowadzania kontroli podatkowych w Polsce uległ istotnej zmianie. Przez długi czas ich liczba rosła, w latach 2020–2022 organy skarbowe wzmacniały działania, nadrabiając zaległości po czasie pandemii. Jednak w 2023 i 2024 roku nastąpił wyraźny zwrot. Liczba kontroli zaczęła spadać, co mogłoby sugerować mniejsze zainteresowanie fiskusa sprawami podatników. Nic bardziej mylnego. Obecnie działania skarbówki są po prostu bardziej selektywne i precyzyjne. Zamiast wprowadzenia masowych, rozproszonych kontroli, urząd koncentruje się na tych podmiotach, w których faktycznie może dojść do wykrycia nieprawidłowości, a więc tam, gdzie ryzyko jest realne, a egzekucja należności możliwa.

- Za taką zmianą stoją nowoczesne narzędzia informatyczne. Systemy analityczne jak STIR czy JPK, pozwalają urzędom na dokładne analizowanie przepływów finansowych i danych księgowych. W efekcie, choć kontroli jest mniej, ich skuteczność rośnie. W 2024 roku aż 98,1% zakończonych kontroli podatkowych doprowadziło do wykrycia nieprawidłowości. W przypadku kontroli celno-skarbowych wskaźnik ten wyniósł 94%. Oznacza to, że niemal każda kontrola kończy się wnioskiem o korektę deklaracji lub decyzją podatkową – mówi adwokat, Michał Pomorski, specjalista w zakresie prawa podatkowego z kancelarii Pomorski Tax Legal Finance

Jak przebiega kontrola i czego się spodziewać?

Standardowa kontrola podatkowa najczęściej rozpoczyna się od doręczenia zawiadomienia. Od momentu jego otrzymania urząd może przystąpić do kontroli nie wcześniej niż po siedmiu dniach i nie później niż po trzydziestu. W dniu rozpoczęcia kontroli urzędnicy muszą okazać stosowne upoważnienie i legitymację służbową. Kontrola odbywa się zazwyczaj w siedzibie firmy, miejscu prowadzenia działalności albo tam, gdzie przechowywana jest dokumentacja księgowa. W jej trakcie analizowane są księgi rachunkowe, faktury, umowy, ewidencje, a także majątek przedsiębiorstwa. Kontrolujący mogą robić zdjęcia, kopiować dokumenty i nagrywać przebieg czynności.

Po zakończeniu kontroli sporządzany jest protokół. To kluczowy dokument, który zawiera wszystkie ustalenia organu. Podatnik ma 14 dni na zgłoszenie ewentualnych zastrzeżeń oraz przedstawienie dodatkowych dowodów. Urząd ma obowiązek je rozpatrzyć i udzielić pisemnej odpowiedzi. Jeśli przedsiębiorca nie złoży korekty deklaracji, urząd może w ciągu sześciu miesięcy wszcząć postępowanie podatkowe, które kończy się wydaniem decyzji. Warto też mieć świadomość, że obecnie fiskus coraz częściej podejmuje działania zabezpieczające jeszcze w trakcie kontroli – np. blokując rachunki bankowe czy ustanawiając zabezpieczenia na majątku podatnika.

Ryzyko sankcji – nie tylko finansowe konsekwencje

W przypadku wykrycia poważniejszych nieprawidłowości podatnik musi liczyć się z dodatkowymi sankcjami. „Mogą one wynieść od 15%, przez 20% i 30%, aż po 100% – ta najwyższa stawka stosowana jest np. gdy podatnik rozliczył fakturę wystawioną przez nieistniejący podmiot. To jednak nie wszystko. W niektórych przypadkach kontrola kończy się nie tylko zobowiązaniem podatkowym, ale też wszczęciem postępowania karno-skarbowego. Przedsiębiorca może zostać ukarany grzywną lub – w przypadku poważnych zarzutów – objęty postępowaniem karnym” – mówi adwokat, Michał Pomorski, specjalista w zakresie prawa podatkowego z kancelarii Pomorski Tax Legal Finance

Praktyka pokazuje, że nawet dobrze działająca firma może nieświadomie wpaść w pułapkę. Wystarczy zakup towaru od kontrahenta, który później okazuje się tzw. znikającym podatnikiem. Nawet jeśli zamówienie było opłacone w całości, urząd może zakwestionować prawo do odliczenia VAT i żądać jego zwrotu wraz z odsetkami. Co więcej, taka sytuacja pociąga za sobą kolejne działania, organ uznaje podatnika za uczestnika nieprawidłowości, obciąża go dodatkowymi sankcjami i kieruje sprawę do organów ścigania.

Prawa i obowiązki w trakcie kontroli

Podatnik w trakcie kontroli ma zarówno obowiązki, jak i prawa. Do jego obowiązków należy m.in. udostępnienie wszelkiej żądanej dokumentacji, w tym ksiąg, faktur, ewidencji, ale też pomieszczeń, środków trwałych i dostępów do systemów. „Należy zapewnić kontrolującym warunki do pracy – najlepiej osobne pomieszczenie, miejsce do przechowywania dokumentów, dostęp do komputera lub sieci. Podatnik jest także zobowiązany do udzielania wyjaśnień i odpowiadania na pytania dotyczące przedmiotu kontroli” – dodaje adwokat, Michał Pomorski, specjalista w zakresie prawa podatkowego z kancelarii Pomorski Tax Legal Finance.

Z drugiej strony kontrolowany ma prawo uczestniczyć we wszystkich czynnościach kontrolnych – osobiście lub przez pełnomocnika. Ma prawo wglądu do akt sprawy, sporządzania kopii i notatek, składania wniosków dowodowych oraz odmowy udziału w przesłuchaniu. Szczególnie ważne jest zachowanie spokoju w sytuacji, gdy kontrola rozpoczyna się bez zapowiedzi – np. w trybie celno-skarbowym.

W takich przypadkach rekomendowane jest niezwłoczne skontaktowanie się z pełnomocnikiem i powstrzymanie się od składania wyjaśnień do jego przybycia.

Jak ograniczyć ryzyko i działać z wyprzedzeniem

Najlepszym sposobem na uniknięcie negatywnych konsekwencji kontroli jest prewencja. Coraz więcej firm decyduje się na wewnętrzne przeglądy podatkowe, które pozwalają na wczesne wykrycie błędów w deklaracjach. Samodzielna korekta przed wizytą urzędników często pozwala uniknąć sankcji. Warto także wdrożyć system compliance – czyli systemowe monitorowanie obszarów ryzyka podatkowego, takich jak transakcje międzynarodowe czy obrót nieruchomościami.

Dobrą praktyką jest również występowanie o interpretacje indywidualne do Krajowej Informacji Skarbowej oraz rozważenie zabezpieczenia majątku prywatnego – np. poprzez fundację rodzinną. Tego typu działania pozwalają nie tylko zredukować ryzyko finansowe, ale też chronić firmę i rodzinę przed konsekwencjami błędów, które mogą wynikać z niejasnych przepisów czy zmiennych interpretacji prawa.

W czasach, gdy skuteczność kontroli jest niemal stuprocentowa, odpowiednie przygotowanie i reagowanie z wyprzedzeniem stają się nie tylko rozsądkiem, ale obowiązkiem każdego odpowiedzialnego przedsiębiorcy.